وسميت بئر طوى نسبة إلى الوادي الذي تقع فيه، وهو أحد أودية أم القرى الثلاثة المعمورة وهي: وادي فاطمة (بكة)، ووادي مكة المكرمة (فخ)، ووادي طوى الذي يمتد بين الحجون وريع الكحل ماراً بجرول حتى يجتمع بوادي إبراهيم في المسفلة ويسمى أعلاه ريع السد، وفي الوسط منه حَيُّ العتيبية، وأسفله جرول، ثم التنضباوي نسبة إلى شجر التنضب الذي كان يكثر فيه، أو الطندباوي كما ينطقه بعض أهل مكة.
وتشير عدد من المصادر التاريخية إلى أن الذي حفر بئر طوى هو عبد شمس بن عبد مناف، ثم نثلها فيما بعد عقيل بن أبي طالب، وقد كان عبدالله بن عمر، رضي الله عنهما، لا يقدم مكة المكرمة إلا بات بذي طوى حتى يصبح ويغتسل ثم يدخل مكة نهاراً. فيما ورد في رواية مسلم ذِكر المسجد الذي بني قريباً من مصلى رسول الله صلى الله عليه وسلم، وذكره الفاكهي بمسجد النبي صلى الله عليه وسلم، وكان قريباً من البئر على يمين المتجه إليها، وبقي المسجد الذي كان يعرف بمسجد القبة إلى أن أزيل لتوسعة الشارع، حيث أقيم في المكان الذي اغتسل أو توضأ فيه الرسول صلى الله عليه وسلم؛ أما البئر فما زالت موجودة بجرول وتعرف ببئر طوى. وجاء في معجم البلدان للحموي قول الشاعر:
إذا جئتَ أعلى ذي طُوًى قِف ونادها # عليكِ سلام الله يا ربّة الخِدْرِ
هل العين ريَّا منك أم أنا راجعٌ # بِهَمٍّ مقيم لا يريم عن الصدرِ.
ويقع بعض المهتمين في خطأ بالغ عندما يخلطون بين بئر طوى التي ثبت أن رسول الله صلى الله عليه وسلم مر بها وبات عندها واغتسل منها، وبئر الطوي والتي تقع بالقرب من الكعبة المشرفة، والتي اندثرت منذ زمن، كما يشير إلى ذلك عدد من الباحثين.
يذكر، أن الهيئة الملكية لمدينة مكة المكرمة والمشاعر المقدسة أعلنت أنها، وبالتعاون مع أمانة العاصمة المقدسة، بدأت في مشروع تطوير المواقع التاريخية الإسلامية، ومن ضمنها بئر طوى الواقعة في حي جرول.
